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南京市中醫(yī)院（南京中醫(yī)藥大學(xué)附屬南京中醫(yī)院、南京市中醫(yī)藥研究所）成立于1956年，現(xiàn)有2個(gè)院區(qū)：大明路院區(qū)、夫子廟院區(qū)；3個(gè)分院（緊密型醫(yī)聯(lián)體）：浦口分院（南京市浦口區(qū)中醫(yī)院）、高淳分院（南京市高淳中醫(yī)院）、濱海分院（鹽城市濱海縣中醫(yī)院）�，F(xiàn)占地面積92畝，建筑面積31.1萬(wàn)㎡，編制床位1500張，現(xiàn)在職職工1915人，其中衛(wèi)技人員1718人，高級(jí)職稱(chēng)517人，碩博士476人。
南京市中醫(yī)院是新中國(guó)成立最早的中醫(yī)醫(yī)院之一，醫(yī)院科室設(shè)置完善，發(fā)展到現(xiàn)在已是一所中醫(yī)特色明顯，集醫(yī)療、教學(xué)、科研、預(yù)防保健、康復(fù)和急救功能為一體的、具有中國(guó)傳統(tǒng)文化特色的花園式、現(xiàn)代化大型三級(jí)甲等中醫(yī)醫(yī)院。是全國(guó)肛腸醫(yī)療中心、國(guó)家級(jí)區(qū)域診療中心，現(xiàn)有國(guó)家級(jí)重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)（中醫(yī)肛腸病學(xué)），國(guó)家級(jí)重點(diǎn)專(zhuān)科7個(gè)；江蘇省重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)（中醫(yī)腦病學(xué)），江蘇省重點(diǎn)專(zhuān)科8個(gè)；南京市重點(diǎn)專(zhuān)科16個(gè)。醫(yī)院有全國(guó)中醫(yī)師承指導(dǎo)老師5人，省、市級(jí)名中醫(yī)、名中西醫(yī)結(jié)合專(zhuān)家70人；設(shè)有國(guó)家級(jí)名中醫(yī)工作室5個(gè)、省級(jí)名中醫(yī)工作室6個(gè)、市級(jí)名中醫(yī)工作室27個(gè)、國(guó)家及省級(jí)名中醫(yī)工作室基層工作站4個(gè)、市級(jí)名中醫(yī)工作室基層工作站24個(gè)。設(shè)立院士工作站、江蘇省研究生工作站、江蘇省博士后創(chuàng)新實(shí)踐基地、南京市中醫(yī)藥現(xiàn)代化與大數(shù)據(jù)研究中心、南京市中醫(yī)藥轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)基地、南京市普外科臨床醫(yī)學(xué)中心、南京市醫(yī)學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、南京市臨床生物資源樣本庫(kù)等。
醫(yī)院擁有院內(nèi)自制制劑122種。擁有國(guó)家級(jí)非物質(zhì)文化遺產(chǎn)代表性項(xiàng)目：丁氏痔科醫(yī)術(shù)；江蘇省非物質(zhì)文化遺產(chǎn)項(xiàng)目：“洪氏眼科”“金陵中醫(yī)推拿術(shù)”；與多名國(guó)醫(yī)大師、國(guó)醫(yī)名師達(dá)成合作協(xié)議；融入“一帶一路”戰(zhàn)略部署，與美國(guó)、比利時(shí)等多所大學(xué)開(kāi)展院校間科研、教學(xué)、人才培養(yǎng)全面合作；與白俄羅斯莫吉廖夫市中心醫(yī)院合作設(shè)立“中國(guó)—白俄羅斯（莫吉廖夫市）傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)中心”，提供中醫(yī)診療服務(wù)，傳播中醫(yī)文化；在全國(guó)率先創(chuàng)立多專(zhuān)業(yè)一體化診療平臺(tái)，并作為典范向全國(guó)推廣建設(shè)經(jīng)驗(yàn)。
2021年，醫(yī)院榮登中華中醫(yī)藥學(xué)會(huì)“2021年度中醫(yī)醫(yī)院學(xué)科（專(zhuān)科）學(xué)術(shù)影響力”中醫(yī)肛腸病學(xué)全國(guó)排行榜第二名；肛腸科、腦病科被評(píng)為“2021屆中國(guó)中醫(yī)醫(yī)院最佳臨床型專(zhuān)科”。獲批1個(gè)省級(jí)臨床醫(yī)學(xué)中心—“江蘇省中醫(yī)肛腸疾病臨床醫(yī)學(xué)創(chuàng)新中心”，獲批2個(gè)市級(jí)臨床研究中心—南京市中西醫(yī)結(jié)合疫病研究中心、南京市中西醫(yī)結(jié)合心血管病研究中心。
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